La Asociación de Jóvenes Empresarios de Cartagena y Comarca está representada por La Junta Directiva, es el órgano encargado del gobierno y dirección de la asociación. Ella es la encargada de realizar y desarrollar las actividades. Está compuesta por la Presidenta, el Secretario, el Tesorero y varios Vocales y Vicepresidentes. Asimismo, cualquier asociado puede asistir como invitado a las reuniones de la Junta Directiva solicitándolo previamente. Igualmente, AJE Cartagena y Comarca cuenta con un secretario técnico para la llevanza diaria de la asociación y dar servicio a todo el que lo precise.

Una vez al año la asociación realiza la Asamblea General, órgano soberano de la asociación y que está conformada por todos los socios de pleno derecho (condición de empresario y menor de 41 años) en el momento de su celebración.

Actualmente la junta de la asociación está formada por: